Ngày 11-8-1956, Chính phủ Việt Nam Dân chủ Cộng hòa ra Nghị định số 70/NĐ thành lập Cục Vận tải Đường thủy do ông Lý Văn Sâm làm Cục trưởng, trụ sở đóng tại số nhà 54 phố Hàng Chuối - Hà Nội.
Chức năng tổng quát của Cục là quản lý 5.442km đường sông và 937km đường biển từ giới tuyến tạm thời là sông Bến Hải trở ra phía Bắc; xây dựng và quản lý các xưởng sửa chữa và đóng mới phương tiện; cải tạo và hướng dẫn vận tải tư nhân.